ASCO : IA

Image omiques spatiales à partir de tissus cancéreux humains

Parmi les grandes lectures d'essais cliniques à l'ASCO, un nouveau projet de recherche a fait ses débuts officiels avec l'objectif ambitieux de cartographier les interactions des cellules cancéreuses avec leur environnement dans une "résolution quasi unicellulaire".

Le projet – baptisé MOSAIC (Multi Omic Spatial Atlas in Cancer) – rassemble une série d'organisations universitaires de recherche sur le cancer, ainsi que la société d'intelligence artificielle Owkin, spécialisée dans les modèles d'apprentissage automatique utilisés pour trouver de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques à partir d'échantillons de patients et société de biologie spatiale NanoString.

MOSAIC commence sa vie avec un financement de 50 millions de dollars d'Owkin et utilisera une technique connue sous le nom de "spatial omics", qui combine le séquençage des gènes avec des technologies d'imagerie pour analyser l'ARN et les protéines non seulement pour leur présence ou leur quantité, mais aussi où ils sont physiquement situés dans les cellules et le microenvironnement qu'elles habitent.

Selon le consortium – qui réunit l'Université de Pittsburgh, Gustave Roussy, le CHU de Lausanne, Uniklinikum Erlangen/Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg et Charité-Universitätsmedizin Berlin – le projet de recherche est 100 fois plus vaste que n'importe quelle spatial omics existante base de données. D'autres organisations devraient se joindre à l'effort dans les mois à venir.

Selon les partenaires, les données seront générées à partir d'environ 7 000 patients atteints de plusieurs cancers et pourraient aider les chercheurs à mieux comprendre le cancer au niveau moléculaire, à caractériser plus précisément différentes formes de cancer et à identifier de nouvelles cibles qui pourraient éventuellement conduire à de nouvelles thérapies améliorées. . Les projets actuels impliquent généralement moins de 50 patients.

"Je crois que l'omique spatiale combinée à l'IA est le catalyseur de la prochaine révolution dans la recherche sur le cancer", a déclaré le directeur général d'Owkin, Thomas Clozel, dans un article sur LinkedIn. "Combinant les gènes aux tissus et la tumeur au microenvironnement, cela permet des découvertes sur les données des patients que les études sur les lignées cellulaires manqueraient."

Un objectif clé du consortium dans les premiers jours sera de développer des normes pour régir la manière dont les données spatiales omiques doivent être analysées et comparées, dans l'espoir de créer un manuel commun pour les groupes de recherche opérant dans ce domaine. L'espoir est qu'à terme, les données normalisées et les méthodes de génération et d'analyse des données seront rendues accessibles à la communauté biomédicale mondiale, afin d'accélérer la recherche dans ce domaine.

MOSAIC se concentrera initialement sur les cancers dont les besoins médicaux ne sont pas satisfaits, notamment le cancer du poumon non à petites cellules, le cancer du sein triple négatif, le lymphome diffus à grandes cellules B, le cancer de l'ovaire, le glioblastome, le mésothéliome et le cancer de la vessie, ont déclaré les partenaires.